Na območju Škocjanskega zatoka smo do sedaj zabeležili 50 različnih vrst gnezdilk. Nekatere gnezdijo redno, druge so le enkrat, tretje pa so le verjetne gnezdilke:
- mali ponirek Tachybaptus ruficollis
- čapljica Ixobrychus minutus
- labod grbec Cygnus olor
- mlakarica Anas platyrhynchos
- reglja Anas querquedula
- fazan Phasianus colchicus
- mokož Rallus aquaticus
- zelenonoga tukalica Gallinula chloropus
- liska Fulica atra
- polojnik Himantopus himantopus
- rdečenogi martinec Tringa totanus
- mali deževnik Charadrius dubius
- beločeli deževnik Charadrius alexandrinus
- navadna čigra Sterna hirundo
- mala čigra Sternula albifrons
- rumenonogi galeb Larus michahellis
- turška grlica Streptopelia decaocto
- divja grlica Streptopelia turtur
- veliki detel Dendrocopos major
- rumena pastirica Motacilla flava
- slavec Luscinia megarhynchos
- kos Turdus merula
- brškinka Cisticola juncidis
- svilnica Cettia cetti
- rakar Acrocephalus arundinaceus
- srpična trstnica Acrocephalus scirpaceus
- kratkoperuti vrtnik Hippolais polyglotta
- črnoglavka Sylvia atricapilla
- plavček Cyanistes caeruleus
- velika sinica Parus major
- kmečka lastovka Hirundo rustica
- škorec Sturnus vulgaris
- sraka Pica pica
- poljski vrabec Passer montanus
- domači vrabec Passer domesticus
- grilček Serinus serinus
- zelenec Carduelis chloris
- lišček Carduelis carduelis
- dolgorepka Aegithalos caudatus
- sivka Aythya ferina
- čopasti ponirek Podiceps cristatus
- vijeglavka Jynx torquilla
- sivi muhar Muscicapa striata
- turška grlica Streptopelia decaocto
- fazan Phasianus colchicus
- rjava čaplja Ardea purpurea – nova gnezdilka od l. 2017
- siva gos Anser anser – nova gnezdilka od l. 2018
- grivar Columba palumbus – nova gnezdilka od l. 2019
- kobilar Oriolus oriolus – nova gnezdilka od l. 2019
- sabljarka Recurvirostra avosetta – nova gnezdilka od l. 2019
