Škocjanski zatok je zaradi pestrega prepleta polslanih in sladkovodnih življenjskih okolij raj za številne živalske in rastlinske vrste, s tem pa tudi za vse, ki jih radi opazujemo in doživljamo naravo. Območje je posebej pomembno zaradi velike pestrosti ptic. Ornitologi smo od leta 2000 do danes na 122,7 hektarjev velikem zavarovanem območju Škocjanskega zatoka našteli kar 266 različnih vrst ptic. Seveda se različne vrste ptic v rezervatu pojavljajo na različne načine in ob različnem času. Nekatere tukaj gnezdijo, druge prezimujejo, tretje pa se le za kratek čas ustavijo in počivajo na selitvi. Med varstveno pomembnejše vrste prištevamo predvsem tiste, ki na območju rezervata gnezdijo. Število le-teh se iz leta v leto spreminja, do sedaj pa smo zabeležili 50 različnih vrst gnezdilk. Brakična laguna je pomembno gnezdišče navadnih (Sterna hirundo) in malih čiger (Sternula albifrons), ki na blatnih otočkih tvorijo mešane kolonije. Isti življenjski prostor si delijo tudi številni gnezdeči pari polojnikov (Himantopus himantopus), rdečenogih martincev (Tringa totanus) in malih deževnikov (Charadrius dubius). V zadnjih letih je laguno ponovno naselil beločeli deževnik (Charadrius alexandrinus), ki v Sloveniji velja za zelo redkega gnezdilca. Ravno tako je zanimiva prisotnost nekaj parov sabljark (Recurvirostra avosetta).
Tudi v sladkovodnem delu rezervata najdemo nekaj v Sloveniji redkih gnezdilk, in sicer: čapljico (Ixobrychus minutus), sivo gos (Anser anser), mokoža (Rallus aquaticus), brškinko (Cisticola juncidis) in rjavo čapljo (Ardea purpurea), ki v naši okolici najbližje gnezdi v deželi Furlanija – Julijska krajina v sosednji Italiji. NR Škocjanski zatok je edino do sedaj zabeleženo gnezdišče rjave čaplje v Sloveniji. V gostih sestojih trstičja in drugi obvodni vegetaciji gnezdijo številni rakarji (Acrocephalus arundinaceus), srpične trstnice (Acrocephalus scirpaceus) in svilnice (Cettia cetti). Med druge zanimive gnezdilke rezervata prištevamo tudi čopastega ponirka (Podiceps cristatus), sivko (Aythya ferina), divjo grlico (Streptopelia turtur), rumeno pastirico (Motacilla flava) in kratkoperutega vrtnika (Hippolais polyglotta).
Ilustracije: Fabio PercoV zimskem času bomo v Škocjanskem zatoku lahko opazovali večje število vodnih ptic na prezimovanju. Med opaznejšimi pticami spadata predvsem siva (Anser anser) in beločela gos (Anser albifrons), veliko bolj številčne pa so race, npr. žvižgavke (Mareca penelope), žličarice (Spatula clypeata), kreheljci (Anas crecca) in konopnice (Mareca strepera). V sestojih trstičja bomo z nekaj sreče lahko uzrli bobnarico (Botaurus stellaris), plašico (Remiz pendulinus), trstnega strnada (Emberiza schoeniclus) ali celo brkato sinico (Panurus biarmicus). Na vlažnih travnikih sladkovodnega močvirja so pozimi pogoste kozice (Gallinago gallinago), veliki škurhi (Numenius arquata) in vriskarice (Anthus spinoletta).
V obdobju pomladanske in jesenske selitve lahko v Škocjanskem zatoku pričakujemo večjo raznolikost ptic, saj je rezervat pomembno postajališče mnogih selivk. Spomladi so posebno številni togotniki (Calidris pugnax), močvirski martinci (Tringa glareola), pribe (Vanellus vanellus), reglje (Spatula querquedula), rjavi lunji (Circus aeruginosus) in čopaste čaplje (Ardeola ralloides). V manjšem številu se pojavljajo tudi kostanejvke (Aythya nyroca), žličarke (Platalea leucorodia) in plevice (Plegadis falcinellus) ter beloperute (Chlidonias leucopterus) in belolične čigre (Chlidonias hybrida). Jeseni lahko ob robovih trstičja opazujemo modro taščico (Luscinia svecica), malo (Zapornia parva) in grahasto tukalico (Porzana porzana). Od ujed velja omeniti še kačarja (Circaetus gallicus), ki v pozno-poletnem in zgodnje-pomladanskem času redno lovi nad sladkovodnim delom močvirja.
ilustracije: Fabio PercoMed ptice, ki jih v rezervatu lahko opazujemo skozi vse leto spadajo mala bela (Egretta garzetta), velika bela (Ardea alba) in siva čaplja (Ardea cinerea), liska (Fulica atra), labod grbec (Cygnus olor), mlakarica (Anas platyrhynchos), zelenonoga tukalica (Gallinula chloropus), mali ponirek (Tachybaptus ruficollis), zelenonogi martinec (Tringa nebularia), rumenonogi galeb (Larus michahellis), pritlikavi kormoran (Microcarbo pygmaeus), kravja čaplja (Bubulcus ibis) in vodomec (Alcedo atthis).
———
Glede na pojavljanje ptice Naravnega rezervata Škocjanski zatok delimo v nekaj osnovnih skupin:
