Najpomembnejše projektne aktivnosti so bili sanacijski in renaturacijski ukrepi v rezervatu, in sicer:
- čiščenje dotokov sladke in morske vode v laguno in vgradnja zapornic na morskem kanalu,
- odstranjevanje 200.000 kubičih metrov sedimenta iz lagune in trajno deponiranje le-tega na območju Ankaranske bonifike,
- povečanje robnih habitatov v laguni, predvsem polojev in otočkov, ki so oboji pomembni kot rastišča slanuš in gnezdišča ogroženih vrst ptic,
- oblikovanje sladkovodnega močvirja na Bertoški bonifiki kot nadomestnega gnezditvenega habitata za sladkovodno močvirje “Brko”, ki je bilo uničeno v 80. letih preteklega stoletja in
- preprečevanje motenja živega sveta zaradi prisotnosti človeka (obiskovalcev) z vzpostavitvijo naravovarstvene nadzorne službe ter izgradnjo in opremo krožne učne poti z zastiralnimi nasipi vzdolž celotne trase poti.
Kot predpripravo na obnovo rezervata je MOP v okviru projekta naročilo tudi izdelavo projektne dokumentacije. DOPPS je v okviru projekta pripravil tudi prvi Načrt upravljanja rezervata za obdobje 2007-11 ter ustanovil neformalno mrežo upravljalcev severno-jadranskih mokrišč in tako zagotovil izmenjavo izkušenj med partnerji mreže na dveh delavnicah z mednarodno udeležbo. Poleg raziskave rib in raziskave sposobnosti naravne repopulacije rezervata v letih 2001-02 je za spremljanje uspešnosti projekta zelo pomemben stalen monitoring biotskih in abiotskih parametrov, in sicer monitoring ptic, kakovosti vode ter hidroloških parametrov ter kartiranje novo nastalih habitatnih tipov ob koncu projekta.
Zaradi izjemnega pomena projekta za slovensko varstvo narave kot tako, je bil velik poudarek pri izvedbi projekta dan aktivnostim za povečanje naravovarstvene zavesti. Med temi so bili zelo pomembni redni kontakti in predstavitve lokalnemu prebivalstvu na predavanjih in vodenih izletih, šolski mladini pa na naravoslovnih dnevih, pa tudi predstavljanje rezervata na tej spletni strani in redno izdajanje biltena. Vse pomembne faze največje obnove zavarovanega območja v Sloveniji so bile v okviru projekta posnete. Ob koncu projekta smo pripravili izobraževalni dokumentarni film ter izdali publikacijo na to temo.
