Naravni rezervat Škocjanski zatok je za obiskovalce glede na letni čas in s tem povezano dolžino dneva odprt:
- v januarju, februarju, novembru in decembru: od 8. do 17. ure;
- v marcu in oktobru: od 7. do 19. ure;
- v aprilu, maju in september: od 7. do 20. ure;
- v juniju, juliju in avgustu: od 6. do 21. ure;
Odpiralni čas centra za obiskovalce:
- v januarju, februarju, novembru in decembru: od 9. do 17. ure
- v marcu in oktobru: od 9. do 19. ure;
- v aprilu, maju in septembru: od 9. do 20. ure;
- v juniju, juliju in avgustu: od 9. do 21. ure.
Center za obiskovalce je ob ponedeljkih zaprt.
Urnik obiskovanja lahko upravljavec podaljša, skrajša ali obiskovanje začasno prepove za vse obiskovalce ali samo za določene načine obiskovanja, pri čemer omejitev lahko velja na celotnem območju ali samo v določenem delu naravnega rezervata. Upravljavec lahko omeji tudi čas trajanja posameznega obiska oziroma zadrževanja obiskovalcev na območju rezervata.
Podaljšanje urnika obiskovanja naravnega rezervata, centra za obiskovalce in osrednje opazovalnice je mogoče za organizirane skupine s posebnim programom, ki je daljši od osnovnega urnika, in v primeru organizacije dogodkov, ki potekajo ponoči pod pogoji iz načrta upravljanja.
Skrajšanje urnika in začasna prepoved obiska naravnega rezervata sta mogoča:
- zaradi preprečevanja motenja živali v obdobjih, ko potrebujejo mir, predvsem med razmnoževanjem,
- zaradi postavljanja in vzdrževanja infrastrukture ter izvajanja drugih upravljavskih del, pri katerih se na učnih poteh in drugih površinah za obiskovalce opravljajo dela s kmetijsko, gradbeno in drugo mehanizacijo,
- zaradi motenj, ki jih določeni načini obiskovanja pomenijo za tihe in mirne oblike obiskovanja, usmerjene v spoznavanje in doživljanje narave, se skrajša urnik tistih načinov obiskovanja, ki so nasprotni mirnim oblikam obiskovanja, predvsem rekreacije z uvedbo ur za rekreacijo,
- ob izjemno slabih vremenskih razmerah, naravnih nesrečah, poginih živali in v drugih primerih višje sile, ki bi pri obiskovalcih lahko povzročili nevarnost za njihovo življenje, zdravje, lastnino ali kakršno koli drugo škodo, poslabšali življenjske razmere za rastline in živali oziroma razvoj zavarovanega območja, po utemeljeni presoji upravljavca.
Skrajšanje urnika centra za obiskovalce in osrednje opazovalnice pa je mogoče še zaradi:
- manjšega povpraševanja po vodenem obisku in drugih oblikah obiska,
- zaradi finančnih razlogov in kadrovske zmogljivosti upravljavca.
