Obiskovalci lahko v Naravni rezervat Škocjanski zatok vstopijo na treh vstopnih točkah, ki so:
- glavni vhod v naravni rezervat na območju Bertoške bonifike, ki je opremljen za dostop z motornimi vozili in kolesi (do parkirišča) ter za pešce;
- dve vstopni točki na učno pot pod ankaransko cesto, kjer je vstop dovoljen samo za pešce.
Vstop na drugih točkah obiskovalcem ni dovoljen. Prav tako ni dovoljeno obiskovanje zunaj urnika obiskovanja naravnega rezervata in na načine, ki jih uredba in načrt upravljanja ne predvidevata.
Parkiranje je obiskovalcem dovoljeno samo v času obiska naravnega rezervata.
Obiskovalci se lahko zadržujejo na urejenih učnih poteh, na opazovališčih in v objektih, namenjenih obiskovalcem (center za obiskovalce, osrednja opazovalnica in opazovalni stolp), ter označenih manipulativnih površinah ob njih, zunaj teh površin pa zadrževanje ni dovoljeno. V primerih začasnega zaprtja dela naravnega rezervata iz katerega koli razloga obiskovalci upoštevajo označbe, ki jih na vidnem mestu pred vstopom v zaprti del namesti upravljavec, in v ta del ne vstopajo. Pri smeri gibanja obiskovalci upoštevajo označevalne in usmerjevalne znake v naravnem rezervatu.
