Obiskovanje Naravnega rezervata Škocjanski zatok je namenjeno spoznavanju in doživljanju narave. Da bi bil obisk vsakomur v zadovoljstvo in veselje, hkrati pa brez negativnih vplivov za naravo, moramo ljudje svoje vedenje prilagoditi živim bitjem, ki območje poseljujejo. Zato v naravnem rezervatu spodbujamo tihe in mirne načine obiskovanja in doživljanja narave, med katerimi so na primer opazovanje živalskih in rastlinskih vrst ter življenjskih okolij, naravoslovno fotografiranje, umirjeni sprehodi po učni poti in vodeni programi obiska.
Vstop v naravni rezervat je dovoljen samo na vstopnih točkah in je časovno omejen glede na urnik obiskovanja. Vstop v naravni rezervat je za posamezne obiskovalce prost, za skupine pa je obvezno vodenje, ki ga izvaja upravljavec za plačilo. Obiskovanje poteka v skladu s podrobnimi pravili obiskovanja, kot so določeni v nadaljevanju. Obiskovalci so na celotnem območju Naravnega rezervata Škocjanski zatok dolžni spoštovati navodila in usmeritve upravljavca naravnega rezervata ter ravnati v skladu z njimi.
Tihemu in mirnemu načinu obiskovanja so še posebej namenjene tihe ure, ko drugi načini obiskovanja (rekreacija in vodeni ogledi) ne potekajo. Rekreacija, predvsem tek, je v preteklosti postala pogost način obiskovanja območja. Ker pa na tako majhnem območju vse oblike obiskovanja ne morejo sobivati hkrati, smo z uvedbo ur za rekreacijo to omejili na določene dele dneva.
