Od leta 1996 je bilo v Škocjanskem zatoku popisanih 19 vrst rib iz 9 družin (med njimi je 5 skoraj izključno sladkovodnih vrst) in sicer:
- vzhodno ameriška gambuzija (Gambusia holbrooki)
- solinarka (Aphanius fasciatus)
- zlati cipelj (Liza aurata)
- tankousti cipelj (Liza ramada)
- dolgin (Liza saliens)
- glavati cipelj (Mugil cephalus)
- debelousti cipelj (Chelon labrosus)
- zet (Gasterosteus aculeatus aculeatus)
- koreselj (Carassius carassius)
- srebrni koreselj (Carassius gibelio)
- klen (Leuciscus cephalus)
- rdečeoka (Rutilus rutilus)
- rdečeperka (Scardinius erythrophthalmus)
- travni glavač (Zosterisessor ophiocephalus)
- kavkaški glavač (Knipowitschia caucasica)
- jegulja (Anguilla anguilla)
- ameriški somič (Ameiurus nebulosus)
- mali gavun (Atherina boyeri)
- vrsta iz rodu gavunov (Atherina spp.)
Tujerodne vrste so gambuzija in dve izključno sladkovodni vrsti ameriški somič in srebrni koreselj. Slednji je v Škocjanski zatok vnesel človek.
Čeprav je bil Škocjanski zatok že od svojega nastanka podvržen velikim spremembam in preobrazbi, še posebej v zadnjih petih letih, najdemo danes v njem že prave lagunske elemente. Tipični vrsti lagunskih rib sta solinarka (Aphanius fasciatus) in lagunski glavaček (Knipowitschia caucasica). Druge vrste rib, kot sta naprimer kačje šilo (Nerophis ophidion) in travni glavač (Zosterissesor ophiocephalus), so tesno povezane s prisotnostjo morskih trav. Pričakovane vrste za tako okolje so tudi razne vrste cipljev (Mugilidae) in mali gavuni (Atherina boyeri), ki se tu pojavljajo v velikem številu.
Že sedaj so v laguni naravnega rezervata najbolj številčne ribe iz družine glavačev (Gobiidae), cipljev (Mugilidae) in gavunov (Atherinidae). Pogosta je tudi tujerodna vrsta gambuzija (Gambusia holbrooki), še posebej v zahodnem delu lagune.
Gambuzija (Gambusia holbrooki), foto: Paul Veenvliet
Solinarka, foto: Paul Veenvliet
