Škocjanski zatok je postal že nekaj let po ureditvi sladkovodnega življenjskega okolja na Bertoški Bonifiki dejansko najpomembnejše bivališče kačjih pastirjev na slovenski Obali. Življenje teh barvitih žuželk je razpeto med vodo, v kateri poteka razvoj ličink, in zrak, katerega obvladujejo odrasli leteči dragulji. Na območju naravnega rezervata je bilo doslej zabeleženo pojavljanje kar 38 vrst kačjih pastirjev, med njimi je bila v letu 2012 tukaj fotografirana celo nova vrsta za slovensko favno – temni slaniščar (Selysiothemis nigra).
Prvi kačji pastir, ki ga lahko ob sončnih dneh opazujemo že februarja ali marca in je v Škocjanskem zatoku pogost, je prisojni zimnik (Sympecma fusca) iz družine zverc. Med našimi kačjimi pastirji je nekaj prav posebnega, saj edini preživi obdobje mrzle zime kot odrasla žuželka.
Modri kresničar (Ischnura elegans) sodi med najpogostejše in najbolj prilagodljive vrste kačjih pastirjev pri nas. Tega drobnega enakokrilega kačjega pastirja iz družine škratcev srečujemo ob najrazličnejših vodnih življenjskih okoljih od nižin do gora, živi pa seveda tudi v Škocjanskem zatoku.
Rdeči voščenec (Ceriagrion tenellum) sodi v Sloveniji med najbolj ogrožene vrste kačjih pastirjev, saj so ga melioracije, regulacije in različni drugi človekovi posegi v mokrišča privedli skorajda na prag izumrtja. Danes je vrsta znana s skupno okoli 20 lokalitet na Krasu, Obali in v Vipavski dolini. Ta močno ogrožena vrsta je bila najdena tudi na območju naravnega rezervata Škocjanski zatok, vendar zaenkrat le posamič.
Sredozemski kamenjak (Sympetrum meridionale) je v Sloveniji opredeljen kot redka vrsta. V sladkovodnem delu Škocjanskega zatoka se uspešno razmnožuje, kar predstavlja trenutno edino območje s potrjenim razvojem te vrste v Sloveniji. Sredozemski kamenjak je z odonatološko-naravovarstvenega vidika eden najpomembnejših pokazateljev vrednosti in pomena Škocjanskega zatoka.
Poleg progastega kamenjaka (Sympetrum striolatum) je črni ploščec (Libellula fulva) eden najpogostejših raznokrilih kačjih pastirjev na območju rezervata. Najdemo ga tako ob stoječih vodah, kot ob različnih kanalih, jarkih in potokih. V Škocjanskem zatoku je bila vrsta pogosta že pred ureditvijo sladkovodnega močvirja na Bertoški bonifiki.
Žareče barve samčka opoldanskega škrlatca (Crocothemis erythraea) nas bodo v Škocjanskem zatoku razveseljevale v vročih poletnih dneh.
 Ceriagrion tenellum, samček, foto: Matjaž Bedjanič |
 Libellula fulva, foto: Matjaž Bedjanič |
 Crocothemis erythraea, foto: Matjaž Bedjanič |
 Sympetrum striolatum, foto: Matjaž Bedjanič |
