Trstičje je rastlinska združba, v kateri prevladuje navadni trst (Phragmites australis). Da trstičje dobro uspeva, mora biti vedno v stiku z vodo. Najbolj značilne vrste ptic, ki so tukaj našle svoj življenjski prostor, so rakar (Acrocephalus arundinaceus), srpična trstnica (Acrocephalus scirpaceus) in čapljica (Ixobrychus minutus), ki rada oponaša trstičje s svojim navzgor obrnjenim dolgim kljunom.
Sladkovodno trstičje je v Škocjanskem zatoku dobro razvito in predstavlja pomembno življenjsko okolje za mnoge živali, saj jim nudi prostor za prehranjevanje in gnezditev ter odlično zavetje. Največji sklenjeni sestoj sladkovodnega trstičja je na skrajnem severnem delu rezervata na Bertoški bonifiki ter ob jarkih južnega dela bonifike. V takšnem življenjskem okolju lahko opazimo tudi največjega glodalca v Škocjanskem zatoku – nutrijo (Myocastor coypus). To je tujerodna vrsta, ki so jo včasih gojili zaradi krzna, danes pa nutrije živijo prosto v naravi. O njihovi navzočnosti se lahko prepričamo tudi po značilnih travnatih toboganih, po katerih se spuščajo z vrhov nasipov v jarke.
Zaslajeno ali somorno trstičje se od sladkovodnega razlikuje po tem, da raste v slani vodi in se v njegovi podrasti pojavljajo slanuše ali halofiti. Takšno trstičje obilno porašča obrobje lagune Škocjanskega zatoka. V zelo slanih razmerah zraste nekoliko manjše, posebej nizko pa ostane na sušnejših tleh. V takšnem življenjskem okolju raste obmorska triroglja (Triglochin maritimum), redka halofitna trajnica z ozkimi »travastimi« listi in neznatnimi cvetovi v klasastem socvetju. V Škocjanskem zatoku je bila nazadnje opažena pred dvajsetimi leti, kar so zadnja opažanja na ozemlju Slovenije. Prav gotovo pa se še »skriva« med trstičjem in jo je treba le poiskati.