Izven gnezditvenega obdobja (avgust – marec) lahko v rezervatu izvajamo posege, med drugim manjša vodna zajetja očistimo zarasti. Tudi mlake in jarki v Škocjanskem zatoku potrebujejo »redno nego«, da ostanejo primerna življenjska okolja za mnoge (tudi redke) rastlinske in živalske vrste.

Za mlake poskrbimo tako, da v jesnesko – zimskih mesecih večino trstičja in ostalega rastlinja, v njej in na njeni brežini, pokosimo ter odstranimo. Na ta način vzdržujemo in ohranjamo življenjski prostor za številne vodne in obvodne živali (npr. kačje pastirje, vodne hrošče, pupke, žabe, želve). Če bi rastline zgolj pokosili in jih pustili v mlaki, bi nakopičena biomasa povzročila dvig dna mlake do take mere, da bi se z leti lahko počasi presušila. Dodatno bi gnitje/razkroj biomase vodo obogatilo s hranili, ki povzročajo razrast nitastih in drugih alg, hkrati pa zavirajo rast rastlinskih vrst, kot so redka in ogrožena žabarka, parožnice in vodna zlatica. Nizka vrednost hranil vpliva tudi na večjo bistrost in čistost vode.

Pestro dogajanje v mlakah in jarkih je rezultat skrbnega ter dolgoletnega upravljanja. Obiskovalci nam lahko pri tem pomagate tako, da živali in rastline v njih opazujete izključno z učne poti – ne stopate po brežinah, ne mečete ničesar v mlake/kanale in ne trgate rastlin.