La Riserva Naturale di Val Stagnon, con il suo intreccio di ambienti acquatici dolci e salmastri, rappresenta un habitat ideale per una grande varietà di specie animali e vegetali. L’area protetta, che comprende 122,7 ettari, è particolarmente interessante dal punto di vista ornitologico. Dal 2001 ad oggi sono state censite fino a 266 specie di uccelli. Alcune di queste sono presenti tutto l’anno, altre sono solo svernanti, alcune invece si fermano solo per poco tempo durante le migrazioni. Le specie di maggior pregio naturalistico sono sicuramente quelle nidificanti. Fino ad ora sono state rilevate 50 specie di uccelli che hanno nidificato almeno una volta all’interno della riserva. La laguna salmastra rappresenta un importante habitat di nidificazione per le colonie miste di sterna comune (Sterna hirundo) e fraticello (Sternula albifrons), nonché per molte coppie di cavaliere d’Italia (Himantopus himantopus), pettegola (Tringa totanus) e corriere piccolo (Charadrius dubius). Dopo un’assenza di più di un decennio è tornato a nidificare anche il fratino (Charadrius alexandrinus), specie molto rara in Slovenia. Interessante anche la presenza di alcune coppie nidificanti di avocetta (Recurvirostra avosetta) che ha colonizzato la laguna solo recentemente.
Anche nella palude di acqua dolce si contano alcune specie nidificanti particolarmente interessanti a livello nazionale, come ad esempio il tarabusino (Ixobrychus minutus), l’oca selvatica (Anser anser), il porciglione (Rallus aquaticus), il beccamoschino (Cisticola juncidis) e l’airone rosso (Ardea purpurea); quest’ultimo in Slovenia nidificante soltanto nella Val Stagnon. I canneti e le zone di vegetazione in prossimità dell’acqua sono popolate da numerose coppie di cannareccione(Acrocephalus arundinaceus), cannaiola (Acrocephalus scirpaceus) e usigniolo di fiume (Cettia cetti). Tra le altre specie nidificanti interessanti vanno menzionati anche lo svasso maggiore (Podiceps cristatus), il moriglione (Aythya ferina), la tortora selvatica (Streptopelia turtur), la cutrettola (Motacilla flava) e il canapino (Hippolais polyglotta).
Nei mesi invernali Val Stagnon si popola di numerosi uccelli acquatici svernanti. Le più appariscenti sono le oche selvatiche (Anser anser) e le lombardelle (Anser albifrons), mentre molto più numerose sono le anatre, come ad esempio il fischione (Mareca penelope), il mestolone (Spatula clypeata), l’alzavola (Anas crecca) e la canapiglia (Mareca strepera). Con un po’ di fortuna, nei canneti è possibile osservare il tarabuso (Botaurus stellaris), il pendolino (Remiz pendulinus), il migliarino di palude (Emberiza schoeniclus) o addirittura il basettino (Panurus biarmicus). Nei prati umidi della palude di acqua dolce sono numerosi i beccaccini (Gallinago gallinago), i chiurli maggiori (Numenius arquata) e i spioncelli (Anthus spinoletta).
Durante i periodi di migrazione è possibile osservare una maggiore diversità di specie, visto che la riserva rappresenta un importante punto di sosta per molti uccelli migratori. In primavera sono numerosi i combattenti (Calidris pugnax), i piro piro boscherecci (Tringa glareola), le pavoncelle (Vanellus vanellus), le marzaiole (Spatula querquedula), i falchi di palude (Circus aeruginosus) e le sgarze ciuffetto (Ardeola ralloides). Un po’ meno frequenti, ma sempre regolari sono le morette tabaccate (Aythya nyroca), le spatole (Platalea leucorodia), i mignattai (Plegadis falcinellus), i mignattini piombati (Chlidonias hybrida) e alibianche (Chlidonias leucopterus). In autunno, lungo i margini dei canneti si possono osservare il pettazzurro (Luscinia svecica), la schiribilla (Zapornia parva) e il voltolino (Porzana porzana). All’inizio della primavera ed in tarda estate si osserva regolarmente qualche individuo di biancone (Circaetus gallicus) intento nella caccia sopra la palude d’acqua dolce.
Tra le specie che nella Riserva Naturale di Val Stagnon si osservano comunemente tutto l’anno ci sono la garzetta (Egretta garzetta), l’airone bianco maggiore (Ardea alba), l’airone cenerino (Ardea cinerea), la folaga (Fulica atra), il cigno reale (Cygnus olor), il germano reale (Anas platyrhynchos), la gallinella d’acqua (Gallinula chloropus), il tuffetto (Tachybaptus ruficollis), la pantana (Tringa nebularia), il gabbiano reale (Larus michahellis) e il martin pescatore (Alcedo atthis). Di comparsa regolare in tutti i mesi dell’anno sono anche il marangone minore (Microcarbo pygmaeus) e l’airone guardabuoi (Bubulcus ibis).
Basandoci sui periodi e i modi in cui le specie ornitiche sono presenti nella riserva naturale le abbiamo divise nei seguenti gruppi: