Nel 1998, con la Legge delle Riserva Naturale Val Stagnon, l’area di Val Stagnon è stata proclamata riserva naturale (Gazzetta ufficiale della RS, n. 20/98). Il livello di protezione corrisponde alla categoria IUCN IV.
Nella riserva naturale e’ proibito:
- Introdurre acque reflui, acque industriali e rifiuti liquidi,
- Provocare il deterioramento dell’acqua o del terreno,
- Modificare il regime delle acque,
- Costruire edifici o depositare attrezzature,
- Depositare i rifiuti,
- Inquinare l’aria con emissioni di sostanze all’interno della riserva,
- Fare uso di fertilizzanti chimici e sostanze per piante,
- Cacciare, raccogliere, disturbare, catturare o uccidere gli animali in tutte le loro fasi di sviluppo,
- Distruggere o danneggiare i siti di riproduzione, nidificazione, le aree di alimentazione e le aree di sosta,
- Modificare la forma e la composizione delle superfici,
- Causare rumori, esplosioni o vibrazioni e illuminare artificialmente gli animali e i loro habitat,
- Fare uso di veicoli o natanti,
- Violare le regole di comportamento per i visitatori durante la visita.
Eccezionalmente, alcune di queste attività sono consentite al gestore della riserva in sede di attuazione della gestione del territorio seguendo il Piano di gestione della riserva.
I visitatori non sono autorizzati ad entrare nella zona della laguna salmastra, negli habitat circostanti e nell’area di “Jezerce”, situata lungo la ferrovia. Non sono consentiti alcuni cambiamenti di uso del territorio, con l’eccezione della costruzione dell’infrastruttura prevista per i visitatori.