A seguito dei rilevamenti compiuti sino al 2012, in Val Stagnon sono state individuate e classificate oltre 300 specie di coleotteri. Di parecchi degli esemplari raccolti non sono state ancora stabilite le specie proprio a causa della loro straordinaria varietà. Tra le specie determinate, ce ne sono almeno 5 nuove nel contesto della fauna slovena, per molte delle altre Val Stagnon è risultata essere il secondo o il terzo sito di insediamento nel Paese. Particolarmente cospicua si è rivelata la popolazione di coleotteri acquatici, come i Ditiscidi e gli Idrofilidi, nonché la popolazione pertinente alla famiglia dei Carabidi, tra cui numerose specie legate ad ambienti acquicoli, paludosi ed alofili.
Finora lo Zuphium olens è stato segnalato soltanto in Val Stagnon e quindi in Slovena è classificato come una specie di coleottero estremamente rara e minacciata. Vive e si sviluppa nell’area paludosa della riserva tra i resti marcescenti dei canneti.
Il Cybister lateralimarginalis, che vive in stagni puliti e ricchi di vegetazione e nei canali, è uno dei coleotteri acquatici più grandi tra quelli presenti in Slovenia. Nel Paese questa specie è rara e protetta, con un presenza più notevole soltanto nelle acque morte del fiume Mura e, come è stato assodato nel corso dei rilevamenti, anche in Val Stagnon.
Quella dell’Onthophagus vacca è una delle 13 specie di scarabei diventate più frequenti nell’area costiera della Slovenia dopo l’introduzione del pascolo dei cavalli e dei buoi in Val Stagnon. Le larve di questo scarabeo si sviluppano soprattutto negli escrementi freschi dei bovini.
Il coleottero Nacerdes melanura è uno stenotopo alofilo che vive sclusivamente negli ambienti salmastri costieri e si sviluppa nel legno marcescente. Questa specie in Slovenia è attestata soltanto in Val Stagnon e nelle altre aree salmastre nei dintorni di Capodistria.
La coccinella arlecchino Harmonia axyridis è una specie aliena ed invasiva originaria della Cina. In Europa si è diffusa in maniera rapidissima appena nell’ultimo decennio. Annoverata tra le coccinelle più grandi, è generalista (ovvero »adattabile«) sia per quanto riguarda l’alimentazione sia l’habitat. In Val Stagnon questo insetto è molto frequente.