Val Stagnon è, malgrado la sua piccola superficie, un ambiente molto vario derivante dall’intreccio di habitat salmastri e d’acqua dolce. La laguna rappresenta quasi tre quarti della superficie e con le sue paludi salmastre, gli isolotti dove nidificano gli uccelli e le velme, è un habitat per molte specie rare di animali e piante. Le piante più note sono le alofite, che in Slovenia possiamo trovare solo in Val Stagnon e nelle saline di Sicciole e di Strugnano.
La zona della riserva con acqua dolce si espande invece nell’area cosiddetta della bonifica di Bertocchi, formatasi appunto durante il ripristino ambientale degli anni 2006-07, come opera compensativa per le paludi perse nei dintorni di Capodistria a causa dell’urbanizzazione. Comprende sia prati umidi che praterie palustri, ma anche aree di canneti e zone con acqua profonda, importanti per la nidificazione e per l’alimentazione degli uccelli.
Gli uccelli sono il gruppo di animali che in Val Stagnon si nota di più, soprattutto per la loro varietà. Nella zona di soli 122 ettari sono state osservate nell’ultimo decennio 259 specie di uccelli diversi, ed il numero sta ancora aumentando. Da notare che questa quantità rappresenta più del 60% delle specie osservate in tutta la Slovenia! Nella riserva esse hanno trovato la propria “casa”, subito dopo il ripristino, sicuramente anche grazie ad una sua adeguata gestione.
Visto il risultato sorprendente e l’influenza estremamente positiva sulla biodiversità della riserva naturale il ripristino viene oggi considerato come uno dei maggiori successi di tutela della natura in Slovenia.