Uno degli ambienti più particolari e interessanti di Val Stagnon sono senza dubbio le barene, sulle quali prosperano le piante alofite – piante adattate a vivere su terreni salati (salmastri). Dalla parte centrale, la più profonda della laguna, il fondale gradualmente risale verso zone di acque basse sino a raggiungere la fascia di marea, nella quale si passa da velme e barene senza vegetazione a barene con flora pioniera di piante alofite annue e si prosegue, nel raggio d’azione delle onde e degli spruzzi, con terreni fangosi, semiaridi con piante alofite perenni. In Slovenia le zone di questo genere sono molto importanti e rare , possiamo trovarle soltanto nelle piane alluvionali alle foci dei fiumi nei golfi di Pirano, Strugnano e Capodistria ed in Val Stagnon.
Le barene, che possono essere sia sabbiose che fangose, sono ambienti molto vari, ricchi di vita ma instabili: sono infatti esposte alle onde e all’azione delle maree e perciò sottoposte a grandi sbalzi di temperature.
Il fondo sabbioso e fangoso delle piane di marea è ricoperto da alghe e anghiosperme marine tra cui la più diffusa è l’Erba da chiozzi comune (Ruppia maritima). L’area è popolata da invertebrati marini (policheti, crostacei, gastropodi, bivalvi…) e da diverse specie di pesci che con la vegetazione marina rappresentano un alimento facilmente accessibile per numerose specie di uccelli di palude, come Ardeidi (Ardeidae), Rallidi (Rallidae) e limicoli (Charadriiformes).