L’acqua di mare fresca affluisce nella laguna tramite il canale principale, che funziona come un’arteria. Non deve quindi sorprenderci se qui si trovano numerosi invertebrati tipici della fauna lagunare. Tra di essi sono molto numerosi soprattutto i bivalvi Cerastoderma glauca e Abra segmentum e i gasteropodi Haminoea hydatis e Hydrobia sp. La specie più tipica fra i crostacei è il Coropium orientale che gioca un ruolo molto importante nella catena alimentare, essendo una preda ricercata da molte specie di uccelli. Nella parte con acque più profonde troviamo sia invertebrati marini che quelli d’acqua dolce. Nella laguna vivono anche le lumache marine Cyclope neritea e l’isopode Sphaeroma hookeri, facilmente riconoscibile perché, se è in pericolo, si ritrae a forma di sfera. Durante l’inverno, quando la salinità nella laguna è più bassa, si possono notare le numerose larve di Chironimidae.
Le zone di acque più profonde sono ambienti adeguati per alcune specie di pesci marini, come Cefali (Mugilidae) e Ghiozzi (Pomatoschistus sp.), ma anche per quelle che tollerano una gamma più ampia di salinità, come ad esempio il Nono (Aphanius fasciatus).
Queste zone attirano anche molte specie di uccelli acquatici, in particolare gli anatidi, che si nutrono immergendosi completamente sott’acqua oppure rimanendo in superficie (immergendo solo la parte anteriore del corpo) e rovistando nel fondale meno profondo.
I più numerosi sono i rappresentanti della famiglia dei Svassi (Podicipedidae), Cormorani (Phalacrocoracidae) e degli Anatidi (Anatidae). Essi possono osservare soprattutto durante il periodo invernale, quando la superficie della zona lagunare della riserva non congela, grazie alla presenza di acqua salmastra e per la posizione geografica del sito.