Comprendono tutta la zona che dalla parte centrale più profonda risale gradualmente verso canali secondari e terreni golenali e arriva fino alla zona caratterizzata da piane di marea senza vegetazione (velme), isolotti e barene con piante alofite.
Nella parte lagunare della riserva l’acqua dolce e quella salata si incontrano. Un canale che attraversa il porto collega la laguna direttamente con il mare, l’area è allimentata anche dall’acqua dolce (il fiume Risano, infatti, sfocia da est con il suo braccio sinistro, chiamato Ara). La laguna è formata da un intreccio di almeno cinque tipi di habitat, tutelati a livello europeo nell’ambito della rete Natura 2000. Il corpo d’acqua completo della laguna di Val Stagnon è un habitat prioritario di laguna costiera (Natura 2000 codice 1150*) – ossia un bacino litoraneo molto raro, almeno prazialmente isolato dal mare, con acque salate di scarsa profondità.