Preletni gosti so negnezdeče vrste, ki na obravnavanem območju prezimujejo le izjemoma ali v manjšem številu. V veliko večjem številu se pojavljajo v času spomladanske (od sredine februarja do sredine maja) in jesenske selitve (od sredine julija do sredine novembra). Spomladi se ptice iz južnih krajev, kjer so prezimovale, vračajo v svoja gnezdišča, jeseni, po končani gnezditvi, pa se ponovno vračajo proti jugu. Med preletne vrste uvrščamo 85 vrst ptic, opazovanih v Škocjanskem zatoku v zadnjem desetletju.
Seznam preletnih gostov:
- črnovrati ponirek(Podiceps nigricollis)
- rjavovrati ponirek (Podiceps grisegena)
- kvakač (Nycticorax nycticorax)
- kravja čaplja (Bubulcus ibis)
- rjava čaplja (Ardea purpurea)
- bela štorklja (Ciconia ciconia)
- črna štorklja (Ciconia nigra)
- žličarka (Platalea leucorodia)
- plevica (Plegadis falcinellus)
- dolgorepa raca (Anas acuta)
- kostanjevka (Aythya nyroca)
- rjavi škarnik (Milvus milvus)
- belorepec (Haliaeetus albicilla)
- kačar (Circaetus gallicus)
- rjavi lunj (Circus aeruginosus)
- močvirski lunj (Circus pygargus)
- škrjančar (Falco subbuteo)
- rdečenoga postovka (Falco vespertinus)
- prepelica (Coturnix coturnix)
- grahasta tukalica (Porzana porzana)
- mala tukalica (Porzana parva)
- sabljarka (Recurvirostra avosetta)
- komatni deževnik (Charadrius hiaticula)
- zlata prosenka (Pluvialis apricaria)
- črna prosenka (Pluvialis squatarola)
- peščenec (Calidris alba)
- veliki prodnik (Calidris canutus)
- srpokljuni prodnik (Calidris ferruginea)
- spremenljivi prodnik (Calidris alpina)
- mali prodnik (Calidris minuta)
- Temminckov prodnik (Calidris temminckii)
- togotnik (Philomachus pugnax)
- mali škurh (Numenius phaeopus)
- črnorepi kljunač (Limosa limosa)
- progastorepi kljunač (Limosa lapponica)
- črni martinec (Tringa erythropus)
- jezerski martinec (Tringa stagnatilis)
- močvirski martinec (Tringa glareola)
- pikasti martinec (Tringa ochropus)
- čoketa (Gallinago media)
- črnonoga čigra (Gelochelidon nilotica)
- črna čigra (Chlidonias niger)
- beloperuta čigra (Chlidonias leucopterus)
- belolična čigra (Chlidonias hybridus)
- grivar (Columba palumbus)
- duplar (Columba oenas)
- kukavica (Cuculus canorus)
- podhujka (Caprimulgus europaeus)
- planinski hudournik (Tachymarptis melba)
- čebelar (Merops apiaster)
- smrdokavra (Upupa epops)
- hribski škrjanec (Lullula arborea)
- breguljka (Riparia riparia)
- rdeča lastovka (Hirundo daurica)
- drevesna cipa (Anthus trivialis)
- veliki slavec (Luscinia luscinia)
- modra taščica (Luscinia svecica)
- pogorelček (Phoenicurus phoenicurus)
- repaljščica (Saxicola rubetra)
- kupčar (Oenanthe oenanthe)
- vinski drozg (Turdus iliacus)
- cikovt (Turdus philomelos)
- kobiličar (Locustella naevia)
- trstni cvrčalec (Locustella luscinioides)
- tamariskovka (Acrocephalus melanopogon )
- rumeni vrtnik (Hippolais icterina)
- mlinarček (Sylvia curruca)
- vrtna penica (Sylvia borin)
- rjava penica (Sylvia communis)
- pisana penica (Sylvia nisoria)
- taščična penica (Sylvia cantillans)
- žametna penica (Sylvia melanocephala)
- severni kovaček (Phylloscopus trochilus)
- grmovščica (Phylloscopus sibilatrix)
- rdečeglavi kraljiček (Regulus ignicapillus)
- črnoglavi muhar (Ficedula hypoleuca)
- belovrati muhar (Ficedula albicollis)
- kobilar (Oriolus oriolus)
- črnočeli srakoper (Lanius minor)
- rjavoglavi srakoper (Lanius senator)
- čižek (Carduelis spinus)
- krivokljun (Loxia curvirostra)
- črnoglavi strnad (Emberiza melanocephala)