V to skupino sodijo negnezdeče vrste, ki se v naravnem rezervatu najštevilčnejše pojavljajo v zimskem času (od sredine novembra do sredine februarja). To so predvsem vrste, ki praviloma gnezdijo severno od naših krajev. Med zimske goste uvrščamo 41 vrst ptic, opaženih v Škocjanskem zatoku.
 Mala gos, foto: Borut Mozetič |
 Bobnarica, foto: Borut Mozetič |
 Žvižgavki, foto: Kajetan Kravos |
 Žličarka, foto: Kajetan Kravos |
Seznam zimskih gostov:
- rdečegrli slapnik (Gavia stellata)
- pritlikavi kormoran (Phalacrocorax pygmeus)
- bobnarica (Botaurus stellaris)
- njivska gos (Anser fabalis)
- beločela gos (Anser albifrons)
- mala gos (Anser erythropus)
- rdečevrata gos (Branta ruficollis)
- žvižgavka (Anas penelope)
- konopnica (Anas strepera)
- raca žličarica (Anas clypeata)
- kreheljc (Anas crecca)
- čopasta črnica (Aythya fuligula)
- zvonec (Bucephala clangula)
- mali žagar (Mergellus albellus)
- pepelasti lunj (Circus cyaneus)
- mali sokol (Falco columbarius)
- žerjav (Grus grus)
- sloka (Scolopax rusticola)
- puklež (Lymnocryptes minimus)
- sivi galeb (Larus canus)
- kričava čigra (Sterna sandvicensis)
- močvirska uharica (Asio flammeus)
- mala uharica (Asio otus)
- vodomec (Alcedo atthis)
- poljski škrjanec (Alauda arvensis)
- vriskarica (Anthus spinoletta)
- travniška cipa (Anthus pratensis)
- stržek (Troglodytes troglodytes)
- siva pevka (Prunella modularis)
- taščica (Erithacus rubecula)
- šmarnica (Phoenicurus ochruros)
- brinovka (Turdus pilaris)
- carar (Turdus viscivorus)
- rumenoglavi kraljiček (Regulus regulus)
- brkata sinica (Panurus biarmicus)
- menišček (Parus ater)
- veliki srakoper (Lanius excubitor)
- travniški vrabec (Passer hispaniolensis)
- pinoža (Fringilla monrifringilla)
- rumeni strnad (Emberiza citrinella)
- trstni strnad (Emberiza schoeniclus)
