Na sladkovodnem delu Škocjanskega zatoka najdemo številne luže in jarke, ki jih naseljujejo različne vrste nevretenčarjev, dvoživk in plazilcev. Za obiskovalce so posebej zanimivi jarki in mlake, ki se nizajo vzdolž krožne učne poti. V njih mrgoli najrazličnejše življenje, od kačjih pastirjev, ki so številčno najbolj bogato zastopani, do različnih vrst kač, pupkov in žab, katerih življenjski cikel poteka tako v vodnem kot tudi kopenskem življenjskem okolju.