Posebna zanimivost Škocjanskega zatoka so poloji, kjer so svoje rastišče našle rastline morskih obrežij – slanuše, prilagojene na rast na slani podlagi. Osrednji, najglobji del lagune navzven postopoma prehaja v bolj plitvo vodo vse do območja bibavičnega pasu, kjer vodna površina iz plitvin in polojev brez vegetacije preide v poloje s pionirsko vegetacijo slanuš enoletnic in naprej v višja polsuha slana muljasta tla s slanušami trajnicami v območju delovanja valov in pršca. Taka rastišča so v Sloveniji izjemno redka in posebnega pomena, saj jih najdemo le na naplavnih rečnih ravnicah Piranskega, Strunjanskega in Koprskega zaliva ter v Škocjanskem zatoku.
Poloji, ki so lahko muljasti ali peščeni, so izredno pestro, bogato in nestanovitno življenjsko okolje. Izpostavljeni so valovanju ter bibavici, nenehnemu delovanju plime in oseke, s tem pa tudi velikim nihanjem temperature.
Peščeno in blatno dno bibavičnih ravnic preraščajo alge in morske semenke, med katerimi je najbolj razširjena obmorska rupija (Ruppia maritima). Ta prostor poseljujejo bentoški nevretenčarji (mnogoščetinci, raki, polži, školjke…) ter več vrst rib, ki skupaj z morskim rastlinjem predstavljajo lahko dostopno hrano za številne vrste močvirskih ptic, kot so čaplje (Ardeidae), tukalice (Rallidae) in obvodne ptice iz skupine pobrežnikov (Charadriiformes).