V Škocjanskem zatoku smo do leta 2012 zabeležili in določili več kot 300 vrst hroščev, številni zbrani primerki pa zaradi izjemne vrstne pestrosti te skupine še niso vrstno opredeljeni. Med ugotovljenimi vrstami je vsaj 5 vrst novih za slovensko favno, za številne ostale pa je Škocjanski zatok drugo ali tretje znano nahajališče v državi. Zlasti bogata se je izkazala favna vodnih hroščev, kot so kozaki in potapniki ter favna hroščev krešičev, med katerimi so tudi številne vrste, vezane na vodna, močvirska in halofilna okolja.
Trstični krešič (Zuphium olens) je bil doslej najden le v Škocjanskem zatoku, zato v Sloveniji velja za izjemno redko in ogroženo vrsto krešiča. Živi in razvija se v močvirnem drobirju razpadajočega trsja.
Škofovska kapa (Cybister lateralimarginalis) je eden naših največjih vodnih hroščev. Najdemo ga v čistih ter z rastlinjem bogatih ribnikih in kanalih. V Sloveniji je škofovska kapa redka in zavarovana vrsta hrošča. Pogostejši je le v mrtvicah Mure in kot smo ugotovili pri raziskavah, tudi v Škocjanskem zatoku.
Goveji skarabej (Onthophagus vacca) je ena od 13 vrst skarabejev, ki so postali na slovenski Obali pogostejši šele z uvedbo paše konj in goveda v Škocjanskem zatoku. Ličinke govejega skarabeja se razvijajo zlasti v svežih govejih iztrebkih.
Obalni bleščeči rogin (Nacerdes melanura) živi izključno v priobalnih brakičnih okoljih, kjer ga najdemo pod gnijočim in razpadajočim lesom. Vrsta je v Sloveniji znana le iz Škocjanskega zatoka in drugih brakičnih okolij v okolici Kopra.
Harlekinska polonica (Harmonia axyridis) je tujerodna in invazivna vrsta polonice, po izvoru iz Kitajske, ki se je po Evropi bliskovito razširila šele v zadnjem desetletju. Sodi med večje polonice in je tako habitatni kot prehranski generalist. V Škocjanskem zatoku je harlekinska polonica zelo pogosta.
 Obalni blesceci rogin (Necerdes melanura), foto: Slavko Polak |
 Goveji skarabej (Onthophagus vacca), foto: Slavko Polak |
 Škofovska kapa (Cybister lateralimarginalis), foto: Slavko Polak |
 Harlekinska polonica (Harmonia axyridis), foto: Slavko Polak |
