Pri raziskavah favne metuljev Škocjanskega zatoka smo doslej zabeležili 300 vrst metuljev, od katerih jih le 45 uvrščamo med tako imenovane dnevne metulje, vse ostale vrste pa štejemo med mnočno ali pretežno nočno dejavne metulje. Zlasti med nočnimi metulji so številne vrste vezane na močvirne habitate, trstišča, šašja ter brakična okolja in zato redke ter ogrožene.
Jadralca (Iphiclides podalirius) lahko v Škocjanskem zatoku opazujemo od konca aprila do septembra, saj se pojavlja v dveh generacijah. Gosenice te vrste se razvijajo predvsem na črnem trnu, redkeje tudi na sadnem drevju.
Rdeči pisanček (Melitaea didyma) je od sorodnih vrst pisančkov najživahneje rdečeoranžno obarvan. Na nasipih Bertoške bonifike ima vrsta že lepo razvito in močno lokalno populacijo. Gosenice se razvijajo zlasti na trpotcih. Na Primorskem vrsta nastopa v dveh generacijah, in sicer junija ter od sredine avgusta do sredine septembra.
Cinobrasti medvedek (Tyria jacobaeae) je postal v Sloveniji skrajno redek. Območje Škocjanskega zatoka je vrsta naselila šele leta 2010. Odrasli osebki cinobrastega medvedka so dejavni podnevi in letajo od maja do julija. Oranžne in črno pisane gosenice te vrste se hranijo na grintu (Senecio barbareifolius), v Škocjanskem zatoku na pogostem razkrečnem grintu (Senecio barbareifolius).
Trstični lesovrt (Phragmataecia castaneae) je v Sloveniji redka in ogrožena vrsta nočnega metulja iz majhne skupine lesovrtov. Njihove gosenice se razvijajo v olesenelem spodnjem delu navadnega trsta, kjer se tudi zabubijo. Z obnovo Škocjanskega zatoka so postala tukajšnja obsežna trstišča eno najpomembnejših nahajališč te vrste v Sloveniji.
Obmorski pedic (Scopula emutaria) je majhna vrsta pedica, ki živi v obalnih območjih zahodne in južne Evrope ter severne Afrike. Gosenice se hranijo z listi slanoljubnih rastlin in listi divje pese. V Sloveniji je vrsta ogrožena zaradi pozidav naravnega okolja. Obmorski pedic je v Škocjanskem zatoku pogosta in značilna vrsta pedica.
 Obmorski pedic (Scopula emutaria), foto: Slavko Polak |
 Obmorski pedic (Scopula emutaria), foto: Slavko Polak |
 Rdeči pisanček (Melitaea didyma), foto: Slavko Polak |
 Cinobrasti medvedek (Tyria jacobaeae), foto: Slavko Polak |
