Glavni cilj projekta je bil obnoviti in povečati habitate v naravnem rezervatu Škocjanski zatok po industrijski degradaciji v 80. letih preteklega stoletja z namenom ohranjanja ogroženih vrst ptic nacionalnega in evropskega pomena.
Projekt je bil strateškega pomena na nacionalni in mednarodni ravni tudi zaradi naslednjih razlogov:
- Škocjanski zatok je pomemben kot postaja na selitveni poti ptic in po obnovi zagotavlja primerne habitate za prezimovanje, prehranjevanje in gnezditev ptic.
- Rezervat je eno od območij v mreži obalnih sredozemskih mokrišč v severnem Jadranu, pomemben za migratorne vrste in eno od le dveh takih območij na slovenski obali. Zaradi očitne redkosti takih habitatov v nacionalnem merilu je bilo nujno ponovno vzpostaviti ugoden varstveni status območja, saj je na ta način lažje vzdrževati tudi varstveni status drugega območja – Sečoveljskih solin kot IBA območja – mednarodno pomembnega območja za ptice.
- Projekt je nadaljevanje 15-letnih prizadevanj za zaščito območja in hkrati prvi primer pri nas, ko so naravovarstveniki uspeli ustaviti brezvestno industrijsko degradacijo in zagotoviti sredstva za obnovo območja. Gre torej za pilotni projekt, ki je bil pred pridružitvijo EU pomemben za zavarovanje bodočih območij Natura 2000 v Sloveniji.
- Naravni rezervat Škocjanski zatok je bil med izvedbo obnove razglašen kot območje Natura 2000 (Posebno območje varstva po kriterijih, ki izhajajo iz Direktive EU o pticah), hkrati pa je tudi na listi potencialnih območij Natura 2000 v skladu z Direktivo EU o habitatih.
- Gre za prvi primer v Sloveniji, ko je nevladna organizacija dobila koncesijo za upravljanje zavarovanega območja.
Visoki stroški obnove Škocjanskega zatoka so hkrati pokazali, kako pomembna in potrebna je celovita presoja vplivov na okolje v izogib degradaciji naravnih okolij (preventivni pristop).
Med viri ogrožanja ptičjih populacij in drugega živega sveta smo pred začetkom izvajanja projekta izpostavili nezadosten dotok in kroženje vode v laguni, onesnaženost sedimenta v laguni, izguba gnezditvenih habitatov zaradi preteklega uničevanja in motnje zaradi prisotnosti človeka.
Večina projektnih aktivnosti je namenjena zmanjševanju in dokončni odpravi virov ogrožanja in bo imela neposreden vpliv na vzpostavitev ugodnega varstvenega statusa ptic in njihovih habitatov. Kot rezultat projekta se bodo povečale populacije ptic ter število prisotnih vrst, tudi gnezdečih. Ponovno bo vzpostavljen naravni značaj ekosistema in preprečeno nadaljnje onesnaževanje in evtrofikacija.
