Med izjemne goste uvrščamo 52 vrst ptic, ki na območju rezervata niso bile opažene več kot petkrat. V Škocjanskem zatoku namreč srečamo tudi v Sloveniji zelo redko opažene vrste ptic, kot so plamenec (Phoenicopterus ruber), zalivski galeb (Larus genei), in mala droplja (Tetrax tetrax). Med izjemne goste naravnega rezervata uvrščamo tudi tatarsko žvižgavko (Netta rufina), kaspijsko čigro (Sterna caspia) in plevico (Plegadis falcinellus), vrste, ki se v majhnem številu v Sloveniji sicer redno pojavljajo.
V to skupino smo uvrstili tudi tujerodne vrste, ki jih je k nam zanesel človek. Spomladi leta 2007 so se na območju rezervata zadrževali trije primerki črnega laboda (Cygnus atratus).
Mala droplja, foto: Borut MozetičSeznam izjemnih gostov:
- črni labod (Cygnus atratus)
- plamenec (Phoenicopterus ruber)
- ameriški kreheljc (Anas carolinensis)
- rjavka (Aythya marila)
- tatarska žvižgavka (Netta rufina)
- veliki žagar (Mergus merganser)
- srednji žagar (Mergus serrator)
- rjasta kozarka (Tadorna ferruginea)
- mala gos (Anser erythropus)
- rdečevrata gos (Branta ruficollis)
- školjkarica ( Haematopus ostralegus)
- prekomorski prodnik ( Calidris melanotos)
- ploskokljunec (Limicola falcinellus)
- kosec (Crex Crex)
- beloglavi jastreb (Gyps fulvus)
- črni škarnik (Milvus migrans)
- ribji orel (Pandion haliaetus)
- mali orel (Hieraaetus pennatus)
- jerebica (Perdix perdix)
- mala droplja (Tetrax tetrax)
- rjava komatna tekica (Glareola pratincola)
- zalivski galeb (Chroicocephlus genei)
- srebrni galeb (Larus argentatus)
- rjavi galeb (Larus fuscus)
- mali galeb (Hydrocoelus minutus)
- triprsti galeb (Rissa tridactyla)
- kaspijska čigra (Hydroprogne caspia)
- sršenar (Pernis apivorus)
- citronasta pastirica (Motacilla citreola)
- črna vrana (Corvus corone corone)
- poljska vrana (Corvus frugilegus)
- brezovček (Carduelis flammea)
- bledi hudournik (Apus pallidus)
- kratkoprsti škrjanček ( Calandrella brachydactyla)
- povodni kos (Cinclus cinclus)
- rožnati škorec (Pastor roseus) – leta 2017
- čopasta kukavica (Clamator glandarius) – leta 2018
- prlivka (Burhinus oedicnemus) – leta 2018
- mandarinka (Aix galericulata) – leta 2018
- kamenjar (Arenaria interpres) – leta 2019
- kalin (Pyrrhula pyrrhula ssp. pyrrhula) – leta 2019
- nilska gos (Alopochen aegyptiaca) – leta 2019
- veliki klinkač (Clanga clanga) -leta 2019
- brglez (Sitta europaea) -leta 2019
- strmoglavec (Morus bassanus) – leta 2020
- sveti ibis (Threskiornisaethiopicus) – leta 2021
- pritlikava tukalica (Porzana pusilla (Zapornia pusilla)) – leta 2021
- komatna priba (Vanellus cinereus) – leta 2021
- stepski lunj (Circus macrourus) – leta 2022
- mali detel (Dryobates minor) – leta 2022
- rdečegrla cipa (Anthus cervinus) – leta 2023
- sinji lebduh (Elanus caeruleus) – leta 2023, je tudi nova vrsta za Slovenijo!
