Podjetje Luka Koper d.d. že več kot dve desetletji podpira upravljanje in razvoj Škocjanskega zatoka. Sodelovanje se je začelo v okviru evropskega projekta LIFE00NAT/SLO/7226, kjer so bile med leti 2001–2007 izvedene številne aktivnosti za obnovo in ohranjanje habitatov ter ptic v naravnem rezervatu, pri čemer je bila Luka Koper pomemben partner. Njihova podpora se ni končala pri tem projektu, saj so v naslednjih letih pomembno prispevali k trajnostnemu razvoju in varovanju tega območja: električno vozilo Alke je olajšalo delo na terenu in postalo nepogrešljiv del tehnične opreme, ureditev območja ob ankaranski vpadnici je zmanjšala motnje in poudarila estetsko ter izobraževalno vrednost rezervata, kar je pozitivno vplivalo na podobo v javnosti, center za obiskovalce pa je z opremo postal prijetnejši za obiskovalce rezervata.
V letu 2024 je Luka Koper sofinancirala izvedbo ukrepov za obvladovanje vplivov podnebnih sprememb na mokrišča, kar vključuje povečanje pretočnosti lagunskih kanalov in zmanjšanje poplavne ogroženosti ob povišanem plimovanju ter dodatne ureditve habitatov v brakični laguni, namenjene ohranjanju varovanih habitatnih tipov ter gnezdišč in prehranjevališč varovanih vrst ptic. Izvedba teh ukrepov je bila vključena v Program porabe sredstev Sklada za podnebne sprememb, prav tako pa tudi v projekt POSEIDONE (Promocija zelene in modre infrastrukture za nov okoljski razvoj) in projekt ReCo (Obnova degradiranih ekosistemov vzdolž evropskega zelenega pasu v srednji Evropi za izboljšanje biotske raznovrstnosti in ekološke povezanosti). Luka Koper v projektu ReCo sodeluje kot pridružen partner, kar bo v bodoče še okrepilo sodelovanje in dobrososedske odnose ter razumevanje skupnega prostora.
Luka Koper s svojim delovanjem dokazuje zavezanost k varovanju narave in podpiranju lokalnih skupnosti. Z vizijo, posluhom in dialogom dokazuje, da lahko živimo v simbiozi, kjer gospodarski razvoj in okoljevarstvena prizadevanja sobivajo in se medsebojno podpirajo.