Naravni rezervat Škocjanski zatok je zavarovano območje narave po Zakonu o naravnem rezervatu Škocjanski zatok (Ur.l.RS, št. 20/98) in podzakonskimi akti:
- Uredba o koncesiji za upravljanje naravnega rezervata Škocjanski zatok (Ur.l. RS, št. 31/99)
- Odlok o varstvu in razvoju naravnega rezervata Škocjanski zatok (Ur.l. RS, št. 31/99)
- Odredba o pogojih obiskovanja in zadrževanja v naravnem rezervatu Škocjanski zatok (Ur.l. RS, št. 58/01)
- Odlok o ureditvenem načrtu za območje naravnega rezervata Škocjanski zatok (Ur.l. RS, št. 119/02)
- Odlok o programu varstva in razvoja naravnega rezervata Škocjanski zatok za obdobje 2007-2011 (Ur.l. RS, št. 83/07)
Območje šteje za naravni rezervat iz 66. člena zakona o ohranjanju narave (v nadaljevanju: ZON), ki določa:
Naravni rezervat je območje geotopov, življenjskih prostorov ogroženih, redkih ali značilnih rastlinskih ali živalskih vrst ali območje, pomembno za ohranjanje biotske raznovrstnosti, ki se z uravnoteženim delovanjem človeka v naravi tudi vzdržuje.
Na zavarovanem območju je prepovedano opravljati dejavnosti s sredstvi in na način, ki bi lahko povzročil bistvene spremembe biotske raznovrstnosti, strukture in funkcije ekosistemov, in opravljati dejavnosti v času, ko je lahko ogrožen obstoj rastlin ali živali.
Z aktom o zavarovanju se na zavarovanem območju lahko prepove ali omeji vrsta dejavnosti in posegov, pri čemer se upoštevajo značilnosti zavarovanega območja in namen zavarovanja.
V rezervatu je na območju Bertoške bonifike prepovedano:
- izpuščati ali odvajati tehnološke, komunalne odpadne vode, tekoče odpadke in druge tekoče snovi;
- poslabševati kakovost vode in tal;
- spreminjati vodni režim;
- graditi ali postavljati objekte in naprave;
- odlagati ali odmetavati odpadke;
- onesnaževati zrak z emisijami snovi, ki imajo vir v rezervatu;
- uporabljati agrokemična sredstva za gnojenje in varstvo rastlin;
- izkopavati, nabirati, poškodovati ali lomiti prostorastoče rastline ali uničevati vegetacijske formacije;
- posegati v obrežno vegetacijo;
- loviti, nabirati, preganjati, ubijati živali ali uničevati njihove razvojne oblike;
- uničevati ali poškodovati gnezdišča ter prostore, kjer se živali zadržujejo, hranijo ali razmnožujejo;
- spreminjati oblikovitost in sestavo površja;
- povzročati hrup, eksplozije ali vibracije ter umetno osvetljevati živali, njihova gnezdišča ali bivališča, kolikor ni to v zvezi z uporabo obstoječih infrastrukturnih in drugih objektov;
- uporabljati kakršnokoli vozilo ali plovilo;
- zadrževati se v nasprotju s pogoji obiskovanja in zadrževanja (Odredba o pogojih obiskovanja in zadrževanja v naravnem rezervatu Škocjanski zatok, Ur. l. RS, št. 58/01).
V rezervatu je na območju lagune, Jezerca in habitatih ob laguni poleg ravnanj iz prejšnjega odstavka prepovedano tudi zadrževati se in spreminjati namembnost zemljišč, razen za potrebe rezervata oziroma za urejanje ustrezne predstavitvene infrastrukture.
Vsi posegi izven rezervata, ki lahko spremenijo vodni režim ali kakovost voda, ki se izlivajo v rezervat, morajo biti izvedeni tako, da se ne poslabša obstoječa kakovost vode v rezervatu.
