Med izjemne goste uvrščamo 28 vrst ptic, ki na območju rezervata niso bile opažene več kot petkrat. V Škocjanskem zatoku namreč srečamo tudi v Sloveniji zelo redko opažene vrste ptic, kot so plamenec (Phoenicopterus ruber), zalivski galeb (Larus genei), in mala droplja (Tetrax tetrax). Med izjemne goste naravnega rezervata uvrščamo tudi tatarsko žvižgavko (Netta rufina), kaspijsko čigro (Sterna caspia) in plevico (Plegadis falcinellus), vrste, ki se v majhnem številu v Sloveniji sicer redno pojavljajo.
V to skupino smo uvrstili tudi tujerodne vrste, ki jih je k nam zanesel človek. Spomladi leta 2007 so se na območju rezervata zadrževali trije primerki črnega laboda (Cygnus atratus).
Borut Mozetičpolarni slapnik (Gavia arctica)
plamenec (Phoenicopterus ruber)
rjasta kozarka (Tadorna ferruginea)
rjavka (Aythya marila)
tatarska žvižgavka (Netta rufina)
veliki žagar (Mergus merganser)
črni škarnik (Milvus migrans)
beloglavi jastreb (Gyps fulvus)
mali orel (Hieraaetus pennatus)
ribji orel (Pandion haliaetus)
jerebica (Perdix perdix)
mala droplja (Tetrax Tetrax)
rjava komatna tekica (Glareola pratincola)
srpokljuni prodnik (Calidris ferruginea)
progastorepi kljunač (Limosa lapponica)
mali galeb (Larus minutus)
rjavi galeb (Larus fuscus)
srebrni galeb (Larus argentatus)
zalivski galeb (Larus genei)
triprsti galeb (Rissa tridactyla)
kaspijska čigra (Sterna caspia)
črnonoga čigra (Gelochelidon nilotica)
rdeča lastovka (Hirundo daurica)
orientalski rakar (Acrocephalus orientralis)
črna vrana (Corvus corone corone)
poljska vrana (Corvus frugilegus)
brezovček (Carduelis flammea)
črni labod (Cygnus atratus)
