Na območju Škocjanskega zatoka redno gnezdi 40 različnih vrst ptic, sedem vrst smo uvrstili med verjetne gnezdilke, dvanajst vrst pa gnezdi v neposredni bližini ter se na območju naravnega rezervata v času gnezditve redno pojavljajo – prehranjujejo ali počivajo.
V naravnem rezervatu Škocjanski zatok redno gnezdi 40 različnih vrst ptic, in sicer:
mali ponirek (Tachybaptus ruficollis)
čapljica (Ixobrychus minutus)
labod grbec (Cygnus olor)
mlakarica (Anas platyrhynchos)
reglja (Anas querquedula)
fazan (Phasianus colchicus)
mokož (Rallus aquaticus)
zelenonoga tukalica (Gallinula chloropus)
liska (Fulica atra)
polojnik (Himantopus himantopus)
mali deževnik (Charadrius dubius)
beločeli deževnik (Charadrius alexandrinus)
navadna čigra (Sterna hirundo)
turška grlica (Streptopelia decaocto)
divja grlica (Streptopelia turtur)
veliki detel (Dendrocopos major)
čopasti škrjanec (Galerida cristata)
bela pastirica (Motacilla alba)
rumena pastirica (Motacilla flava)
slavec (Luscinia megarhynchos)
kos (Turdus merula)
brškinka (Cisticola juncidis)
svilnica (Cettia cetti)
srpična trstnica (Acrocephalus scirpaceus)
rakar (Acrocephalus arundinaceus)
kratkoperuti vrtnik (Hippolais polyglotta)
črnoglavka (Sylvia atricapilla)
rjava penica (Sylvia communis)
plavček (Parus caeruleus)
velika sinica (Parus major)
škorec (Sturnus vulgaris)
rjavi srakoper (Lanius collurio)
šoja (Garrulus glandarius)
sraka (Pica pica)
poljski vrabec (Passer montanus)
italijanski vrabec (Passer x italiae)
domači vrabec (Passer domesticus)
grilček (Serinus serinus)
zelenec (Carduelis chloris)
lišček (Carduelis carduelis)
